O São Luiz foi fundado em 20 de fevereiro de 1938, pelo desportista Angelino Alves dos Santos. É um dos clubes mais antigos e reconhecidos do estado, sendo um dos únicos representantes da região em competições estaduais.
O Clube manteve-se no amadorismo até meados da década de 50, passando em seguida a disputar a segunda divisão do campeonato gaúcho. No início da década de 60 ingressou na primeira divisão de profissionais destacando-se no quadro estadual esportivo. De julho de 77 a novembro de 85 o clube licenciou-se das competições oficiais, sendo retomado a partir de 1986, a partir daí, em rápida ascensão o clube voltou a primeira divisão, o que foi confirmado com o título estadual da primeira divisão de 1990, voltou a primeira divisão estadual em 1991. Conquistou, em 1997, a Copa Galego, derrotando o Glória na final. Treinado por Nestor Simionatto, o São Luiz venceu a primeira partida da decisão por 4x0 em Ijuí, e empatou a segunda por 1 a 1, no Estádio Altos da Glória, em Vacaria.
A equipe campeã estava assim escalada: Magero; Lelo, Pessali, Aguiar e Márcio; Uana (Marcelo Bolacha), Jorginho (Alexandre Tiongo), Sandro e Tuto; Lela (Dejai) e Giovani Mello.
Durante a preparação para a Copa do Mundo de 1994, no qual a Seleção Brasileira se sagrou campeã, o São Luiz, enfrentou em 1991 a futura campeã mundial, no Estádio Beira-Rio, em Porto Alegre, empatando em 0 a 0.
A escalação do São Luiz nese jogo foi: Janio, Polaco, Caçula, Newmar, Kiko, João Luiz, Negrine, Betinho, Marco Antônio, Café e Edmundo. Técnico: Cassiá.
Atualmente o São Luiz é um dos clubes com maior tempo de permanência na elite do Futebol Gaúcho, conquistando, em 2013, o Título de Campeão do Interior do RS e ocupando a terceira colocação na classificação geral.
